La historia de la Junta Pro Semana Santa, como organismo aglutinador de los intereses de las diversas Cofradías comienza el 22 de Abril de 1897 con el nacimiento de la primera Junta de Fomento de la Semana Santa. La idea fue impulsada por el entonces alcalde de la ciudad Ursicino Alvarez, a la postre primer presidente de la misma, y un grupo de cofrades pertenecientes a las diversas cofradías existentes.

Una vez formada, la Junta promovería entre otras medidas, un homenaje al imaginero Ramón Alvarez o impulsar la creación de nuevos grupos escultóricos como "El Prendimiento" de Torija o "La Elevación de la Cruz".
Durante esta primera etapa que se prolonga hasta 1901 se mantiene una notable actividad en la incorporación de nuevos pasos a las hermandades. La Cofradía del Santo Entierro encarga en el año 1900 a José María Garrós ,el paso de la Conducción al Sepulcro, y la Congregación solicita al mismo autor la realización del grupo de "La Desnudez"

Tras esta primera etapa repleta de nuevas iniciativas, el 17 de Abril de 1901 encontramos la última referencia de la Junta Permanente. Es el Ayuntamiento quien asume algunas de sus funciones, como la de la contratación de las bandas pero se produce un alarmante declive de la Semana Santa fundamentado en el descenso del número de hermanos que pone en peligro la organización de los desfiles.

En 1917 se produce un nuevo intento de recreación de la Junta impulsado por el obispo de la Diócesis, don Antonio Álvaro y Ballano, que promueve la captación de nuevos hermanos como principal objetivo. Sin embargo esta iniciativa fracasa nuevamente y no es hasta 1924 cuando nos encontramos con un verdadero proyecto de dinamización de la Semana Santa. La nueva Junta de Fomento, la preside el entonces presidente del Santo Entierro Ramiro de la Horna. En este periodo que se prolongará hasta 1931, se retoma el desfile del Cristo de las Injurias, creándose la Cofradía del Silencio, se produce la reorganización de la cofradía de Nuestra Madre, se consigue un aumento considerable del número de hermanos y se encargan a Ramón Núñez los pasos de "La Sentencia" y "El retorno del Sepulcro"

En 1931 la Junta cesa de nuevo en su actividad en un periodo de cambios políticos que afectarán muy directamente a la Semana Santa. En 1932 la Federación de Cofradías acuerda sacar las procesiones a la calle, con la excepción de Nuestra Madre. Repetirán en 1933 y no saldrán en 1934 y 1936. El año 1935 es un año singular ya que se produce por primera vez el Juramento del Silencio y el popular baile del cinco de copas.

Los años de guerra Civil y sobre todo, los que suceden a estos son de auténtico auge de la Semana Santa, favorecidos por el contexto político de aquel momento. La Federación de Cofradías enclavada en un entramado de comisiones que agrupaban todas las celebraciones populares y festivas, se independiza como Junta a favor de la Semana Santa y promueve la creación de las Cofradías de la Tercera Caída, Vía Crucis y Jesús Yacente. Se aprueba también el encargo de dos nuevos pasos: "La Borriquita" para la reorganizada cofradía de Jesús en Su entrada triunfal en Jerusalén y "La Santa Cena" para la Vera Cruz.

En el periodo que comprende estos años de posguerra hasta 1956 en que se crea la Hermandad de Penitencia, se produce una gran rotación de presidentes y se instaura el acto del Pregón de Semana Santa como un acontecimiento periódico que se prolonga hasta nuestros días.

En el año 1956 es elegido presidente Marcelino Pertejo Seseña, cuyo mandato se prolongará hasta 1984. En este periodo se produce la creación de tres nuevas hermandades a pesar de la crisis de los valores religiosos que prevalecían en el concierto nacional e internacional. Las hermandades de "Las Siete Palabras", "Buena Muerte" y "Espíritu Santo" completaban el panorama de la Semana de Pasión zamorana, con un estética austera y novedosa. En esta época se consigue realizar una de las aspiraciones de la Semana Santa de Zamora: El Museo de Semana Santa abre sus puertas en 1964.

El relevo en el mandato de Marcelino Pertejo, con Eduardo Pedrero coincidirá con una época de auge en la que la celebración es nombrada de Interés Turístico Nacional en el 80 e Internacional en 1986. El nuevo impulso reactiva la entrada de nuevos hermanos y las cofradías reforman los pasos para su puesta a hombros. En 1984 se celebra en Zamora el I Congreso Internacional de Cofradías y en 1997 Sus Majestades los Reyes de España acuden a la ciudad en la celebración del I Centenario de la creación de la Junta Pro Semana Santa.

En 1997 Dionisio Alba Álvarez se hace cargo de la presidencia de la Junta. Durante su mandato toma cuerpo la creación del Pórtico Musical de Semana Santa, y se celebra en Madrid la Exposición "Tiempo de Pasión", con algunos de los pasos más representativos de nuestra Semana Santa.

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